사회과학연구원은 1983년 설립 이후 사회과학 제분야의 유기적 연계와 협동을 통해 다음과 같은 과제를 중심으로 주요 국내외 문제 및 지역사회에 대한 종합적 연구를 수행해왔다.
- 사회과학 이론 및 방법론 연구
- 자본주의 사회의 구조와 변동 연구
- 대안사회경제모델 연구
- 사회적경제 연구
- 고용노동문제 연구
- 지역사회 과제 연구
사회과학연구원은 사회적경제연구센터, 대안사회경제연구센터, 고용노동연구센터, 마을자치배움센터, 사회적 치유연구센터, 민주주의연구센터를 산하에 두고 있다. 사회과학연구원은 이를 기반으로 2001년 한국학술진흥재단(현재 한국연구재단)이 지원하는 대학중점연구소로 선정되었다. 이에 따라 사회과학연구원은 2001-2007년까지 신자유주의 구조조정과 노동문제, 한국자본주의 축적체제와 노동계급, 대안경제체제와 산별노조 등을 주제로 학제간 국제공동연구를 수행하면서, 연례 국제학술대회 개최, '사회과학연구총서' 간행, 전문학술지 <마르크스주의연구> 창간, 노동조합실태조사 DB 구축 등의 성과를 달성했다.
그리고 2007년 사회과학연구원은 '대안세계화운동과 대안사회경제모델'을 연구하는 한국연구재단의 대학중점연구소로 다시 선정되어 1단계(2007-2010)에서 대안세계화운동의 이념과 조직 전략' 연구를, 2단계(2010-2013)에서 '세계화와 축적체제 및 계급구조의 변화' 연구를, 3단계(2014-2016)에서 '대안사회경제모델' 연구를 수행하였다.
즉 2001년 이후 10년 동안 한국연구재단 지원 대학중점연구소로서 세계화와 한국자본주의, 노동운동과 대안세계화운동 및 대안사회경제모델에 대한 연구와 관련 각종 부속사업을 성공적으로 수행하면서 진보적인 이론정책 연구단체와 연대활동을 진행하고 있으며, '진주시민아카데미'의 이름으로 지역사회의 발전에 동참해 왔다.
2018년 이후에도 사회과학연구원은 지역 시민사회 및 대학 밖 인문사회연구소와 공동으로 한국사회와 지역사회 현안에 대한 활발한 학술행사를 개최하며 비판 담론을 만드는데 주력해왔다. 2019년에는 일본군‘위안부’ 연구회 및 경북대학교 법학연구소와 함께 <지역에서 바라본 일본군성노예제와 과거사 반성>을 주제로 한 공동심포지엄을 개최했고, 2021년에는 5.18 기념재단과 함께 <인권의 관점에서 바라본 5.18 집단트라우마와 사회적 치유>를 주제로 한 학술심포지엄을 주관했으며, 산청·함양 유족회 및 지차체와 함께 <제3회 산청·함양·거창 사건 학술대회>를 성황리에 개최하였다. 향후에도 사회과학연구원은 6개 연구센터를 기반으로 지역사회 현안에 대한 학제간 공동연구를 촉진하면서 통합적 관점의 경남학 연구 기반을 마련해갈 계획이다.