본 연구소는 2001-2007년 한국연구재단 1차 중점연구소 기간 중 신자유주의 구조조정과 노동문제, 한국자본주의의 축적체제와 노동계급, 대안경제체제와 산별노조 등의 주제를 중심으로 SSCI 논문 5편, 등재(후보)지 논문 25편을 포함한, 40여 편의 논문과 26권의 단행본을 출판하여, 양적으로 지원액 대비 연구성과에서 한국연구재단 지원 역사상 전례 없는 기록을 세웠으며 질적으로도 ‘대한민국학술원 우수도서상’ 수상 2건, 한국연구재단 시행 ‘우수성과 인증’ 2건, 해외 출판 영문단행본 출판 등을 통해, 그 우수성이 국내외에서 입증된 바 있다. 2007-2010년 본 연구소가 수행한 2차 중점연구소 1단계(2007-2010) ‘대안세계화운동과 대안사회경제모델 연구’도 SSCI 논문 2편 및 해외 출판 영문단행본 수록 논문 3편을 포함한 총 55편의 논문과 7권의 단행본으로 출판되어 2007년 한국연구재단 선정 사회계열 중점연구소 중 최우수성과 연구소로 평가되었다. 본 연구소는 이와 같은 중점연구를 진행하면서 동시에 <마르크스주의연구> 간행과 대학원 정치경제학과 설립 운영 등 다양한 관련 부속사업을 수행해 왔다. 2004년 마르크스주의 연구에 특성화한 전문학술지로 창간한 <마르크스주의연구>는 2007년 한국연구재단의 등재후보지로 선정되고, 2008-9년 계간지로 확대되면서 국제학술지로 전환되었고, 2010년에는 등재지로 승격되어 해외에서도 많은 논문들이 투고되고 있다. 또 본 연구소는 2009년 세계 최초로 마르크스주의 연구에 특성화한 대학원 정치경제학과를 학과간 협동과정으로 창설했는데, 본 학과는 출범 2년 만에 대학원 석·박사과정 재학생수 36명을 기록하면서 국내 인문사회계 대학원에서는 보기 드문 대규모 학과로 성장했다. 현재 대학원 정치경제학과는 본 연구소가 수행하고 있는 중점연구 성과를 교과과정에 실시간으로 반영하여 비판적 사회과학분야 학문후속세대 양성과 대안세계화운동 활동가 평생교육에 기여하고 있다.