2007-9년 세계경제위기 이후 신자유주의적 세계화와 자본주의가 21세기 인류에 주어진 유일한 대안이 아니라는 인식이 확산되면서, 우리나라 진보 진영에도 각종 대안을 연구하는 진보 싱크탱크들이 많이 생겨났다. 그러나 기존 진보 진영의 접근은 주로 공공성과 복지 확대 방안 연구와 같은 위로부터 정책대안 연구에 치중되어 있고 자본주의 시장경제의 틀 내에서 대안을 추구하는 것이 대부분이다. 이에 비해 2007년 이후 사회과학연구원이 한국연구재단의 대학중점연구소 과제로 수행하고 있는 세계화와 대안체제 연구는 1999년 '시애틀전투'와 2008년 '촛불운동'으로 상징되는 아래에서부터 대안세계화운동에서 문제의식이 출발하며, 자본주의 시장경제의 틀에 한정되지 않고, 마르크스주의를 비롯한 탈자본주의 대안까지 개방적으로 사고한다는 점에서, 기존의 진보 진영의 접근들과 차별적이며 대학부설 연구소 중에서는 세계적으로도 독보적이다. 사회과학연구원은 중점연구 영역에서 많은 독창적 연구성과를 산출하고 있을 뿐만 아니라, 부속사업으로 마르크스주의에 특성화한 대학원 정치경제학과를 개설 운영하고 있으며, 국제학술지 계간 <마르크스주의 연구>를 출판하면서, 마르크스주의 연구와 교육을 제도권 내에 정착·확산하기 위해 노력하고 있다.